Après des études de guitare classique, et des années de pratique de différentes musiques improvisées, Benjamin Perrot choisit de se consacrer essentiellement à la musique ancienne. Il étudie le théorbe, le luth et la guitare baroque au C.N.R. de Paris, auprès d'Eric Bellocq et de Claire Antonini. Il y obtient en 1997 son Diplôme Supérieur de Musique Ancienne. Il se perfectionne ensuite auprès de Pascal Monteilhet. En 1996-1997, il est également stagiaire accompagnateur au Studio Baroque de Versailles (Centre de Musique Baroque de Versailles).
Il joue pendant de nombreuses années comme soliste et continuiste, au sein de nombreux ensembles de musique de chambre comme Les Basses Réunies (Bruno Cocset), Capriccio Stravagante (Skip Sempé), Le Concert Brisé (William Dongois), l'Ensemble Pierre Robert (Frédéric Désenclos), La Fenice (Jean Tubéry), Le Poème Harmonique (Vincent Dumestre), Il Seminario Musicale (Gérard Lesne), Stradivaria (Daniel Cuiller), ou d’orchestres comme Les Arts Florissants (William Christie), Le Concert Spirituel (Hervé Niquet)…
En 2004, il crée avec Florence Bolton l’ensemble La Rêveuse, auquel il se consacre plus particulièrement depuis quelques années.
Benjamin Perrot a participé à plus d’une cinquantaine d'enregistrements discographiques, chez Accord, Alpha, Calliope, Glossa, K 617, Mirare, Naïve, Zig-Zag Territoires…
Il enseigne le luth et le théorbe au Conservatoire de Versailles et est chef de chant au Centre de Musique Baroque de Versailles.