L'académie Sainte-Cécile est un ensemble instrumental à géométrie variable articulé autour d'un trio flûte/vièle/clavicythérium pour le répertoire médiéval, d'une paire de violons avec basse (clavecin/violoncelle) pour le baroque, d'un quatuor à cordes ou d'un trio avec fortepiano pour le classique et romantique. Cet ensemble s'élargit occasionnellement à un effectif semi orchestral, toujours jouant sans chef à l'exemple de ses modèles historiques des dix-septième et dix-huitième siècles.
L'académie Sainte-Cécile compte de nombreuses apparitions sur les scènes européennes (Ambronay: concert télé-diffusé par France3 et Mezzo, Brugge, Bruxelles, Clermont-Ferrand, Eszterháza, Ferrara, Genève, Lille, Magdeburg, München, "Folle journée" de Nantes, Paris, Perpignan, Reims, Strasbourg, Atelier lyrique de Tourcoing, Château de Versailles) ainsi qu'outre-mer (Egypte, La Réunion), seule ou en compagnie d'illustres artistes (les chanteurs James Bowman, Alain Buet, Michael Chance, Peter Harvey, Ian Honeyman, Philippe Jarousski, Guillemette Laurens, Magali Léger, Laurent Naouri, Sandrine Piau, Derek L. Ragin et Gilles Ragon, le pianiste Paul Badura-Skoda, les flûtistes Philippe Bernold, Patrick Beuckels et Barthold Kuijken, le danseur Jean Guizerix, les comédiens Arnaud Décarsin, Jean Pierre Jourdain et Dominique Michel). Prêtant volontiers son concours aux chœurs et ensembles vocaux qui l'y invitent (Chœur régional d'Auvergne, Clare College Choir of Cambridge, Ensemble Vocal de Nantes, Ex Cathedra Choir of Birmingham, Körnerscher Singverein Dresden, Ludus modalis, Magdeburger Kammerchor, Maîtrises ND-de-Paris et ND-de-Reims, New College Boys Choir of Oxford, Petits chanteurs de Versailles, Pôle Voix-93, Polymnie, Salzburger Domchor, The Trinity Baroque Choir), L'académie Sainte-Cécile poursuit une amicale résidence au "Festival de musique ancienne de L'Epine" qu'organisent chaque été le collectif champenois Cordis & Organo et son président Jean-Christophe Leclère, y donnant à entendre des œuvres majeures du répertoire de musique sacrée (Bach, Buxtehude, Charpentier, Händel, Monteverdi, Vivaldi).
Chaque été se tient à Alligny-en-Morvan (Bourgogne) un atelier de musique ancienne à l'occasion duquel des membres ou proches collaborateurs de l'académie Sainte-Cécile viennent partager leur expérience.